안녕하세요, 마포 공덕 주환세무회계 안효원 세무사입니다.
"약값에는 부가세가 없다고 들었는데, 왜 부가세 신고를 해야 하나요?" 개국을 준비하는 약사님들께 자주 받는 질문입니다. 약국은 한 계산대에서 면세 매출과 과세 매출이 함께 나오는 대표적인 겸영 업종입니다. 처방전을 받아 조제하는 매출과 손님이 진열대에서 골라 가는 일반약 매출은 세금이 다릅니다. 오늘은 약국에서 생기는 세금을 부가세, 종합소득세, 현금영수증 순서로 정리해 드리겠습니다.
약국 매출, 무엇이 면세이고 무엇이 과세일까요?
부가가치세법 시행령 제35조는 면세되는 의료보건 용역으로 "약사가 제공하는 의약품의 조제용역"을 정하고 있습니다. 면세 대상은 약이라는 물건이 아니라 조제라는 용역입니다. 그래서 처방전에 따라 조제한 매출은 면세이지만, 처방 없이 파는 일반의약품은 법령의 면세 목록에 들어 있지 않아 부가세가 붙는 과세 매출이 됩니다. 의약외품, 건강기능식품, 화장품 판매도 과세입니다.
| 매출 | 부가세 | 신고 |
|---|---|---|
| 처방전 조제 | 면세 | 면세 수입금액으로 신고 |
| 처방 없는 일반의약품 판매 | 과세 | 부가세 신고 |
| 의약외품·건강기능식품·화장품 | 과세 | 부가세 신고 |
약국은 이렇게 과세와 면세를 함께 하는 겸영사업자라 부가세 신고를 하면서 면세 수입금액도 함께 신고합니다. 이렇게 하면 따로 2월 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다. 다만 약국은 사업장현황신고 불성실가산세 대상 업종이라, 면세 수입금액을 적게 신고하면 미달 금액의 1천분의 5가 가산세로 붙습니다. 조제 매출은 건강보험 청구 자료와 바로 대조되니 숫자를 정확히 맞춰야 합니다.
겸영 약국의 핵심, 공통매입세액 안분은 어떻게 할까요?
과세 매출과 면세 매출이 함께 있으면 매입 쪽 부가세도 나눠야 합니다. 판매용 일반약이나 건강기능식품을 들여올 때 낸 부가세는 과세 매출을 위한 것이라 공제받습니다. 조제에만 쓰는 매입의 부가세는 면세사업 관련 매입세액이라 공제받지 못합니다. 문제는 어느 쪽인지 나눌 수 없는 매입입니다. 임차료, 인테리어 공사, POS 장비, 조제기와 판매대를 함께 쓰는 공간의 관리비가 그렇습니다.
이런 공통매입세액은 해당 과세기간의 총공급가액 가운데 면세공급가액이 차지하는 비율만큼 빼고 나머지를 공제받습니다. 예정신고 때는 그 기간의 비율로 먼저 나누고 확정신고 때 정산합니다. 조제 비중이 큰 약국은 면세 비율이 높아 공제받는 몫이 작아지고, 일반약 판매가 많은 약국은 공제 몫이 커집니다. 매입을 처음부터 판매용, 조제용, 공통으로 나눠 기록해 두지 않으면 신고 때 정확한 안분을 할 수 없습니다.
간이과세를 생각하시는 분도 계신데, 약사업은 법령상 간이과세를 적용받을 수 없는 업종입니다. 일반약 판매처럼 과세 매출이 있는 약국은 매출 규모와 관계없이 일반과세자로 부가세를 신고합니다. 간이과세와 일반과세의 차이는 간이과세와 일반과세 비교 칼럼에서 설명했습니다.
종합소득세: 복식부기와 성실신고 기준
소득세법 시행령은 약국을 개설해 약사업을 하는 사업자를 의료업, 수의업과 함께 별도로 묶어 두었습니다. 이 사업자는 수입 규모와 관계없이 간편장부대상자가 될 수 없어 복식부기의무자이고, 단순경비율로 신고할 수도 없습니다. 개국 첫해부터 복식부기 장부가 필요하다는 뜻입니다.
성실신고확인 기준은 업종에 따라 다릅니다. 약국은 의약품 소매업으로 분류되어 도매 및 소매업 기준인 수입 15억 원이 적용됩니다. 해당 연도 수입금액이 15억 원 이상인 해에는 종합소득세를 6월 30일까지 세무사 확인을 거쳐 신고합니다.
경비는 약품 매입 원가 말고도 챙길 것이 많습니다. 근무약사와 직원 급여, 임차료, 카드 수수료, 약사회비, 배상책임보험료 같은 항목을 증빙과 함께 모아 두셔야 합니다. 경비 인정의 기본 원칙은 필요경비 칼럼에 정리해 두었습니다. 11월에는 종합소득세 중간예납도 있습니다. 대상자라면 원칙적으로 작년 세액을 기준으로 한 중간예납기준액의 절반이 고지되어 11월 30일까지 납부하니, 자금 일정을 미리 잡아 두세요. 올해 새로 개국했거나 고지 금액이 50만 원 미만이면 고지되지 않습니다.
현금영수증과 카드 세액공제
약국은 현금영수증가맹점에 반드시 가입해야 하는 업종이고, 의약품 및 의료용품 소매업은 현금영수증 의무발행업종입니다. 부가세를 포함한 건당 거래금액이 10만 원 이상인 판매대금을 현금으로 받으면 손님이 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 하고, 발급하지 않으면 미발급 금액의 20%가 가산세로 붙습니다. 건강보험 급여 대상 금액 등 법령이 정한 경우는 이 가산세에서 제외됩니다.
반대로 받을 수 있는 공제도 있습니다. 직전 연도 공급가액이 10억 원 이하인 개인 약국은 과세 매출을 카드나 현금영수증으로 받은 금액의 1.3%를 부가세에서 공제받고, 한도는 연 1천만 원이며 납부할 부가세를 넘는 부분은 돌려받지 못합니다. 이 비율과 한도는 2026년 12월 31일까지의 특례입니다.
실제 있었던 일: 매입을 한 덩어리로 기록하던 약국
문전약국을 운영하던 약사님이 개국 2년 차에 상담을 오셨습니다. 도매상에서 들어오는 세금계산서를 모두 한 계정으로 기록하고, 부가세 신고 때는 매입세액을 대략적인 비율로 나눠 공제해 오셨습니다. 매입을 판매용, 조제용, 공통으로 다시 나누고 확정신고 때 정산까지 맞춰 보니 지난 신고에서 공제를 덜 받은 부분과 더 받은 부분이 함께 나왔습니다. 수정할 부분은 정리하고, 이후로는 도매상 품목 코드를 기준으로 매입을 자동으로 나누도록 장부 구조를 바꿨습니다. 약사님은 "어디까지 공제되는지 처음으로 설명을 들었다"고 하셨습니다.
상담에서 자주 받는 질문
"조제 매출만 있는 약국도 부가세 신고를 하나요?" 과세 매출이 전혀 없다면 부가세 신고 대신 2월 10일까지 사업장현황신고를 합니다. 실제로는 일반약이나 의약외품 판매가 조금이라도 있는 경우가 대부분이라 겸영으로 부가세를 신고하는 약국이 많습니다.
"개국 첫해라 매출이 작은데 간편장부로 하면 안 되나요?" 약국은 첫해부터 복식부기의무자입니다. 장부 없이 신고하면 추계로 신고하게 되고 단순경비율도 쓸 수 없어 불리합니다.
"매출이 15억 원에 가까워지면 무엇을 준비하나요?" 성실신고확인 대상이 되는 해에는 경비 증빙을 하나하나 확인하므로, 연말 전에 미비한 증빙을 정리하고 가족 인건비처럼 근거가 필요한 항목의 서류를 갖춰 두셔야 합니다.
"주환세무회계에 맡기면 기장료는 어떻게 되나요?" 기장료는 월 12만 원부터이고, 업종과 매출 규모, 거래량, 직원 수를 들은 뒤 첫 상담에서 정확한 금액을 안내드립니다.
약사님이 연말에 확인할 세 가지
- 매입 구분: 도매 세금계산서가 판매용, 조제용, 공통으로 나뉘어 기록되는지 확인하세요.
- 조제 매출과 청구 자료: 신고할 면세 수입금액이 건강보험 청구 자료와 맞는지 봅니다.
- 거래금액 10만 원 이상 건의 현금 판매분: 현금영수증 발급 여부를 대조합니다.
약국 세금, 이렇게 도와드립니다
주환세무회계는 약국 매입을 판매용, 조제용, 공통으로 나눠 기록하고, 조제 매출과 일반약 매출을 구분해 공통매입세액 안분과 확정신고 정산, 면세 수입금액 신고를 한 흐름으로 처리합니다. 종합소득세와 성실신고확인 대비까지 연간 일정을 미리 안내드립니다. 공덕역 인근 거래처는 대표세무사가 직접 약국으로 방문해 약사님과 숫자를 함께 봅니다. 재계약률 93%, 이탈률 0.1% 미만은 이렇게 꾸준히 설명드리는 방식에서 나온 숫자라고 생각합니다. 업무 범위는 세무기장 대리 안내에서 확인하실 수 있습니다. 세무기장 상담은 무료로 진행하고 있으니 편하게 연락 주세요.
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