병원 세무사, 개원의가 계약 전에 꼭 물어볼 5가지

안녕하세요, 마포 공덕 주환세무회계 안효원 세무사입니다.

"개원할 때 소개받은 세무사님께 그냥 맡겼는데, 제대로 하고 있는 건지 판단이 안 서요." 원장님들과 상담하면 자주 듣는 말씀입니다. 진료는 전문가이시지만 세무 신고서는 낯설고, 매달 기장료는 나가는데 무엇을 해 주는지 잘 보이지 않으니 답답하실 수밖에 없습니다. 오늘은 병원 세무사를 새로 고르거나 바꾸려는 원장님께, 계약 전에 무엇을 물어보면 실력을 가늠할 수 있는지 정리해 드리겠습니다.

병원 장부는 일반 사업자 장부와 무엇이 다를까요?

의원은 세법상 구조가 독특합니다. 첫째, 같은 진료실에서 나오는 매출이 면세와 과세로 갈립니다. 질병을 진단하고 치료하는 의료보건 용역은 부가가치세가 면세이지만, 부가가치세법 시행령 제35조는 건강보험 요양급여 대상에서 빠지는 쌍꺼풀수술, 코성형, 지방흡인술, 주름살제거술, 기미·여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 피부미백술, 모공축소술 같은 진료를 면세에서 제외합니다. 이런 진료 매출에는 원칙적으로 부가세가 붙고, 성형수술 후유증 치료나 선천성 기형·종양 제거에 따른 재건수술처럼 법령이 다시 면세로 둔 경우만 예외입니다.

둘째, 의료업은 수입 규모와 관계없이 복식부기의무자입니다. 소득세법 시행령은 의료업을 간편장부대상자에서 아예 빼 두었기 때문에, 개원 첫해부터 복식부기 장부를 갖춰야 합니다. 같은 이유로 단순경비율도 적용받을 수 없습니다.

셋째, 일정이 남들과 다릅니다. 면세 진료만 하는 의원은 2월 10일까지 사업장현황신고를 해야 하고, 의료업은 이 신고를 하지 않거나 수입금액을 적게 신고하면 그 금액의 1천분의 5가 가산세로 붙습니다. 진료 수입이 5억 원 이상이 되는 해에는 성실신고확인대상이 되어 종합소득세를 6월 30일까지 세무사 확인을 거쳐 신고합니다.

일반 세무사가 놓치기 쉬운 한 가지: 면세와 과세를 나눠 신고하는지

병원 기장에서 가장 많이 어긋나는 부분은 매출 구분입니다. 피부과나 일반과처럼 미용 시술을 함께 하는 의원은 과세 진료분으로 부가세를 신고하고, 면세 진료분은 수입금액으로 따로 신고해야 합니다. 차트 프로그램의 수납 데이터를 진료 항목별로 나누지 않고 카드 매출 총액만 보고 신고하면, 과세 매출이 빠지거나 면세 매출에 부가세를 얹는 일이 생깁니다.

구분이 틀리면 매입세액 공제도 함께 틀어집니다. 임차료, 인테리어, 레이저 장비처럼 면세 진료와 과세 진료에 같이 쓰는 매입은 공통매입세액이라 공급가액 중 면세 비율만큼은 공제받지 못합니다. 다만 면세공급가액이 5% 미만이면 원칙적으로 전액 공제되고(공통매입세액이 500만 원 이상이면 제외), 예정신고 때 안분한 금액은 확정신고 때 다시 정산합니다. 이런 계산을 매 신고마다 하고 있는지가 병원 세무사의 실력이 드러나는 지점입니다.

계약 전에 꼭 물어볼 5가지

상담 자리에서 아래 다섯 가지를 그대로 물어보세요. 대답이 구체적이면 병원 업무를 해 본 사무소입니다.

네 번째 질문은 특히 중요합니다. 일반의원과 치과의원은 현금영수증 의무발행업종이라, 부가세를 포함한 건당 거래금액이 10만 원 이상인 진료비를 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 합니다. 발급하지 않으면 미발급 금액의 20%가 가산세로 붙고, 착오나 누락으로 빠뜨린 건을 대금을 받은 날부터 10일 이내에 자진 발급하면 10%로 줄어듭니다. 건강보험 급여처럼 법령이 정한 금액은 이 가산세에서 빠집니다. 비보험 시술 비중이 큰 의원일수록 이 대조를 매달 하는지 물어보셔야 합니다.

기장료는 어떻게 비교하면 될까요?

병원 기장료를 비교할 때는 월 금액만 보시면 안 됩니다. 결산과 종합소득세 신고 수수료, 성실신고확인 수수료가 따로 붙는지, 페이닥터와 직원 급여 신고가 포함되는지까지 합쳐 연간 총액으로 맞춰 보셔야 합니다. 월 기장료가 낮아도 성실신고 해에 수수료가 크게 붙으면 결과적으로 비싸지기도 합니다. 병의원 기장에서 매달 챙기는 항목 자체가 궁금하시면 병의원 세무기장 칼럼에 정리해 두었습니다.

세무사를 바꾸려면 연말이 좋은 이유

개인 의원의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지입니다. 11월이나 12월에 옮기면 새 사무소가 결산 전에 올해 장부를 넘겨받아 점검할 시간이 생기고, 1월 부가세 확정신고, 2월 사업장현황신고, 5월 또는 6월 종합소득세를 한 흐름으로 처리합니다. 반대로 2월이나 5월 신고 한가운데 옮기면 자료가 두 사무소에 흩어져 확인할 일이 많아집니다. 절차는 세무사 변경 칼럼에 단계별로 적어 두었습니다. 원장님이 직접 하실 일은 기존 사무소에 해지 의사를 전하고 홈택스에서 수임 동의를 하는 정도입니다.

실제 있었던 일: 미용 진료 매출을 따로 보지 않던 의원

개원 3년 차인 한 일반과 원장님이 기장 이전을 상담하러 오셨습니다. 몇 해 전부터 기미 치료와 제모 같은 미용 진료를 늘리셨는데, 부가세 신고서를 보니 과세 매출이 실제 비중보다 훨씬 적게 잡혀 있었습니다. 차트의 수납 자료를 진료 항목별로 나누지 않고 일부만 과세로 분류해 온 것이 원인이었습니다. 지난 신고를 항목별로 다시 맞춰 수정신고를 했고, 그 과정에서 공통매입세액 안분도 함께 바로잡았습니다. 가산세는 일부 냈지만 빨리 수정한 덕분에 부담을 줄일 수 있었습니다. 원장님은 "기장료만 비교하고 이런 질문은 해 본 적이 없었다"고 하셨습니다.

상담에서 자주 받는 질문

"면세 진료만 하는데도 세무사가 따로 할 일이 있나요?" 있습니다. 부가세 신고가 없는 대신 2월 사업장현황신고로 1년 수입금액을 신고하고, 의료업은 복식부기 장부를 갖춰 종합소득세를 신고해야 합니다. 건강보험 청구 자료와 카드·현금영수증 자료가 신고 수입과 맞는지도 매년 확인해야 합니다.

"수입이 5억 원을 넘으면 무엇이 달라지나요?" 해당 과세기간 수입이 5억 원 이상이면 성실신고확인대상이 되어, 종합소득세를 6월 30일까지 세무사의 확인서와 함께 신고합니다. 경비 증빙을 하나하나 검토하므로 그해에는 장부 수준을 한 단계 높여 두셔야 합니다.

"공동 개원인데 세무사를 한 곳으로 정해야 하나요?" 공동사업장은 장부가 하나이므로 한 사무소가 맡는 것이 자연스럽습니다. 손익분배비율과 각 원장님의 출자 내역을 장부와 맞춰 두는 일이 중요하니, 상담 때 동업 계약서를 함께 보여 주세요.

"주환세무회계에 맡기면 기장료는 어떻게 되나요?" 기장료는 월 12만 원부터이고, 업종과 매출 규모, 거래량, 직원 수를 들은 뒤 첫 상담에서 정확한 금액을 안내드립니다. 성실신고확인처럼 따로 비용이 생기는 업무도 첫 상담에서 함께 말씀드립니다.

계약 전에 준비해 오시면 좋은 것

1. 최근 부가세 신고서와 사업장현황신고서: 과세·면세 구분이 어떻게 되어 있는지 바로 보입니다.
2. 차트 프로그램의 진료 항목별 수납 자료: 미용 진료 비중을 확인하는 출발점입니다.
3. 직원·페이닥터 계약서: 네트 계약 여부와 4대보험 가입 현황을 확인합니다.

병원 세무사, 이렇게 도와드립니다

주환세무회계는 차트 수납 자료를 진료 항목별로 받아 면세 진료와 과세 진료를 매달 나누고, 공통매입세액 안분과 확정신고 정산, 2월 사업장현황신고, 성실신고확인까지 한 흐름으로 관리합니다. 현금 수납분의 현금영수증 발급 여부도 신고 전에 대조해 드립니다. 공덕역 인근 거래처는 대표세무사가 직접 방문해 원장님과 숫자를 함께 봅니다. 재계약률 93%, 이탈률 0.1% 미만은 이렇게 꾸준히 설명드리는 방식에서 나온 숫자라고 생각합니다. 업무 범위는 세무기장 대리 안내에서 확인하실 수 있습니다. 세무기장 상담은 무료로 진행하고 있으니 편하게 연락 주세요.

주환세무회계 안효원 세무사 · 02-3775-3110 · 서울 마포구 마포대로8길 9 영명빌딩 404호(공덕역 4번 출구)