안녕하세요, 마포 공덕 주환세무회계 안효원 세무사입니다.
동물병원 원장님들과 이야기하다 보면 "우리 병원 진료비에 부가세가 붙는 건가요, 안 붙는 건가요?"라는 질문을 꼭 받습니다. 사람 병원은 진료가 원칙적으로 면세인데, 동물 진료는 출발점이 반대이기 때문입니다. 게다가 면세 범위를 정한 고시가 몇 차례 바뀌면서 병원마다 처리 방식이 제각각인 경우도 많습니다. 오늘은 2026년 1월부터 시행된 고시를 기준으로 동물병원 매출을 어떻게 나누고, 1년 동안 어떤 신고를 챙겨야 하는지 정리해 드리겠습니다.
동물 진료는 왜 원칙이 과세일까요?
부가가치세법 시행령 제35조 제5호는 수의사의 용역을 면세로 정하면서 단서를 하나 붙였습니다. 동물의 진료용역은 다음 다섯 가지에 해당할 때만 면세라는 것입니다.
- 축산물 위생관리법에 따른 가축의 진료
- 수산동물의 진료
- 장애인 보조견표지를 받은 보조견의 진료
- 기초생활수급자가 기르는 동물의 진료
- 그 밖에 질병 예방과 치료 목적의 진료로서 농림축산식품부장관이 고시하는 용역
사람 의료는 "면세가 원칙이고 미용 목적 진료만 과세"인 구조인데, 동물 진료는 "열거된 것만 면세"인 구조입니다. 그래서 반려동물 진료의 면세 여부는 마지막 항목의 고시가 얼마나 넓게 정해져 있느냐에 달려 있습니다.
2026년 고시가 정한 면세 진료의 범위
현재 적용되는 고시는 「부가가치세 면제대상인 동물의 진료용역」(농림축산식품부고시 제2025-92호)으로, 2026년 1월 1일부터 시행됐습니다. 고시 제2조는 질병의 예방과 치료를 목적으로 하는 다음 진료를 면세로 정합니다.
- 진찰과 입원관리
- 접종과 투약(다만 완제품 형태의 약을 병원에서 단순히 사 가는 경우는 제외)
- 검사
- 증상에 따른 처치
- 질병의 예방과 치료(수의사법에 따라 표준 분류가 고시된 질병은 그 예방·치료 행위에 적용)
구체적인 대상 질병과 진료는 고시 별표에 열거돼 있습니다. 이번 개정에서는 치주질환, 치아 파절, 잔존유치 같은 구강 질환과 식욕부진, 변비 등이 새로 들어갔다고 보도됐습니다. 결과적으로 질병을 진찰하고 검사해 치료하는 일반적인 진료는 대부분 면세 쪽으로 정리되는 흐름입니다. 다만 별표에 없는 진료나 질병 치료 목적이 아닌 처치는 여전히 과세이므로, 진료 항목을 별표와 대조해 두는 작업이 필요합니다.
동물병원 매출, 이렇게 나눕니다
| 매출 유형 | 부가세 | 근거와 관리 포인트 |
|---|---|---|
| 별표에 해당하는 진찰·검사·처치·입원 | 면세 | 고시 제2조, 차트에 질병명과 진료 내용 기록 |
| 진료에 따른 접종·투약 | 면세 | 진료 기록과 연결되게 수납 |
| 완제품 약을 진료 없이 단순 판매 | 과세 | 고시 제2조 제1항 제2호 괄호, 판매 코드 분리 |
| 미용·목욕·호텔 | 과세 | 질병 치료 목적이 아니어서 면세 범위 밖 |
| 간식·용품 판매 | 과세 | 재고와 매출원가 관리 |
용품과 미용, 호텔 쪽 관리법은 반려동물 사업 세무기장 칼럼에서 따로 다뤘습니다. 면세 진료와 함께 과세 진료나 미용, 호텔, 용품 판매를 하는 동물병원은 한 사업장에 과세와 면세가 함께 있는 겸영 사업자가 됩니다.
겸영 동물병원이 챙길 부가세 계산
겸영 사업자가 되면 매입세액 계산이 달라집니다. 미용실 전용 드라이어처럼 과세 쪽에만 쓰는 매입은 전액 공제받고, 면세 진료에만 쓰는 장비의 매입은 공제받지 못합니다. 임차료, 인테리어, 전기요금처럼 양쪽에 함께 쓰는 매입은 원칙적으로 면세 공급가액 비율만큼 공제에서 빠집니다(부가가치세법 제40조). 공통매입세액이 5만 원 미만인 경우 등 안분하지 않는 예외도 있습니다. 2026년부터 면세 진료가 넓어진 병원이라면 면세 비율이 올라가 공제받는 매입세액이 줄어들 수 있으니, 올해 부가세 신고 때 안분 비율을 새로 계산해 보셔야 합니다.
신고 일정도 함께 정리해 두세요. 과세 매출은 1월과 7월에 부가세를 신고하고, 이때 면세 수입금액을 같이 신고하면 그 부분은 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다(소득세법 제78조). 수의업은 사업장현황신고를 빠뜨리거나 적게 신고하면 해당 수입금액의 1천분의 5가 가산세로 붙는 업종이라, 면세 수입금액을 정확히 잡는 일이 특히 중요합니다.
동물병원의 장부와 현금영수증 의무
수의업은 수입금액과 관계없이 복식부기로 장부를 써야 하는 업종이고, 간이과세도 적용받을 수 없습니다. 수입금액이 5억 원 이상이 되는 해에는 성실신고확인 대상이 되어 종합소득세를 6월 30일까지 신고합니다.
현금영수증도 의무발행 업종입니다. 수술비나 입원비처럼 금액이 큰 진료를 계좌이체로 받는 경우가 많은데, 건당 거래금액이 10만 원 이상이면 현금이나 이체로 받은 부분은 보호자가 요청하지 않아도 발급해야 합니다. 빠뜨리면 미발급 금액의 20%가 가산세이고, 착오나 누락으로 빠뜨린 것을 받은 날부터 10일 안에 자진 발급하거나 신고하면 10%로 줄어듭니다. 면세 진료라고 해서 이 의무가 없어지지 않는다는 점을 직원분들께도 꼭 알려 두세요.
실제 있었던 일: 진료 코드 하나로 모든 매출을 받던 병원
개원 3년 차 동물병원 원장님이 미용실과 호텔을 함께 열면서 상담을 요청하셨습니다. 수납 프로그램에 진료, 미용, 호텔이 모두 같은 "진료" 코드로 들어가고 있었고, 그동안 매출 전체를 한 가지 기준으로 신고해 온 상태였습니다. 먼저 수납 코드를 진료, 접종·투약, 단순 약 판매, 미용·호텔, 용품으로 나누고, 진료 항목은 고시 별표와 대조해 면세와 과세를 다시 갈랐습니다. 공용 인테리어와 임차료의 매입세액도 면세 비율로 안분해 신고를 정리했습니다. 원장님은 "매출을 나눠 보니 미용과 호텔이 실제로 얼마나 남는지도 처음 보였다"고 하셨습니다.
상담에서 자주 받는 질문
"심장사상충 예방약을 진료 없이 사 가는 보호자도 있는데 면세인가요?" 고시는 완제품 형태의 약을 병원에서 단순히 구입하는 경우를 면세에서 제외합니다. 진찰 후 처방해 투약하는 것과 진료 없이 판매하는 것은 다르게 보셔야 합니다.
"건강검진 패키지는 면세인가요?" 질병 예방과 치료 목적의 검사로서 고시 범위에 들어가는지가 기준입니다. 패키지 구성 항목을 별표와 대조해 판단하는 것이 안전하니, 상품을 만들 때 미리 확인해 보시길 권합니다.
"11월에 종합소득세 중간예납 고지서를 받았습니다." 지난해 납부 세액을 바탕으로 한 중간예납기준액의 절반이 고지되고 11월 30일까지 납부합니다. 상반기 실적으로 계산한 세액이 기준액의 30%에 못 미치면 직접 계산해 신고할 수 있으니 고지서를 받으신 뒤 바로 상의해 주세요.
"주환세무회계에 맡기면 기장료는 어떻게 되나요?" 기장료는 월 12만 원부터이고, 업종과 매출 규모, 거래량, 직원 수를 들은 뒤 첫 상담에서 정확한 금액을 안내드립니다. 동물병원은 미용·호텔 운영 여부에 따라 업무량이 달라 그 부분을 먼저 여쭙습니다.
올해가 가기 전에 확인할 세 가지
- 수납 코드: 진료, 단순 약 판매, 미용·호텔, 용품이 나뉘어 있는지 보세요.
- 면세 비율: 2026년 고시 기준으로 면세 진료 비중이 얼마나 바뀌었는지 계산해 보세요.
- 계좌이체 수납: 10만 원 이상 이체 건에 현금영수증이 모두 발급됐는지 대조하세요.
동물병원 세금, 이렇게 도와드립니다
주환세무회계는 동물병원 거래처의 수납 자료를 받아 면세 진료와 과세 매출을 매달 나누고, 공통매입세액 안분과 부가세 신고, 사업장현황신고, 종합소득세까지 한 흐름으로 처리합니다. 공덕역 인근 병원은 대표세무사가 직접 찾아가 원장님과 숫자를 함께 봅니다. 재계약률 93%, 이탈률 0.1% 미만은 이렇게 얼굴을 보고 설명드리는 방식에서 나온 숫자라고 생각합니다. 업무 범위는 세무기장 대리 안내에서 확인하실 수 있습니다. 세무기장 상담은 무료로 진행하고 있으니 편하게 연락 주세요.
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